Pour étudier le fonctionnement des systèmes moléculaires responsables des activités cellulaires, on part généralement d'un broyat de tissu ou d'un extrait cellulaire. Il s'agit d'un milieu hétérogène, obligatoirement complexe. La séparation des différentes fractions cellulaires, des différentes molécules ou macromolécules, la concentration des extraits sont donc des étapes cruciales.

Les techniques de séparation sont basées sur :

Propriété mise en jeu
Technique de séparation
Taille

Osmose inverse
Filtration
Ultrafiltration
Dialyse

Electrodialyse

Filtration sur gel

Densité Centrifugation
Ultracentrifugation
Propriétés de surface ou caractère hydrophile/hydrophobe

Chromatographie d'adsorption
Chromatographie de partage
HPLC
Chromatographie en phase gazeuse

Caractère ionique Electrodialyse
Electrophorèse
Echange d'ions
Propriété spécifique Chromatographie d'affinité